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Várias doenças podem transcorrer com essas lesões, tanto em locais da boca, como sistêmicas. Muitas características são levadas em conta: sintomas, coloração, sangramento, saída de secreção, alterações na saliva, na deglutição, local, tamanho, dentre outras.

Lesões benignas, como as aftas. Doenças sistêmicas que repercutem com lesão oral, como pênfigo, epidermólise bolhosa, lúpus. Doenças virais (herpes, verruga vulgar, condiloma). Fungos, tumores benignos (hemangiomas, linfagiomas), bactérias (tuberculose, sífilis). As doenças malignas (carcinoma espinocelular, sarcoma, melanoma), são um capítulo à parte, e pela gravidade é sempre levado em conta.

Cabe ao médico o diagnóstico, fundamental nesses casos para instituir o tratamento que por vezes é sintomático (diminuir a dor, aparência, etc.) ou curativo (clínico ou cirúrgico).